Entre las funciones de la CNS están:
• Optimizar la gestión de recursos humanos asignando y utilizando personal médico, paramédico, administrativos y de servicios en función de parámetros e indicadores estándar. Remodelar, refuncionalizar, construir hospitales además de policlínicos, acorde a los niveles de la demanda.
• Brindar atenciones en salud con calidad y calidez a la población asegurada con la implementación de planes, programas y control de calidad. Lograr el equilibrio financiero incrementando los ingresos y optimizando el gasto. Incrementar la población cubierta y disminuir el nivel de desafiliaciones.
• Refuncionalizar el modelo de atención en Salud Familiar Comunitaria Intercultural (Safci) hasta alcanzar niveles óptimos de eficacia, eficiencia y economía.
• Implementar, por fases, un modelo de administración con desconcentración administrativa, financiera y técnica.
• Proveer a los centros médicos, de manera oportuna, suficientes medicamentos, insumos, materiales y equipo médico.
• Mejorar los índices de productividad y rendimiento (salud y administración) hasta cubrir la demanda insatisfecha.