El Gerente General es la Máxima Autoridad Ejecutiva de la CNS; y primero responsable del manejo institucional y de la gestión médica, administrativa y financiera, legal y técnica en el marco de lo establecido, por el Código de Seguridad Social.
La autoridad es nombrada por el Presidente del Estado Plurinacional, de la terna propuesta por el Ministerio de Salud, mediante Resolución Suprema. Las facultades y atribuciones son:
Ejercer la representación legal de la entidad, dirigir la institución en todas sus actividades administrativas, financieras, legales, reglamentarias y operativas, especializadas en el marco de la misión y visión institucional.
La autoridad se encarga de planificar, organizar, dirigir, controlar y evaluar la implementación de las políticas nacionales de salud, promoviendo la participación de la población asegurada con proyección a la comunidad y del sector privado en las prestaciones de enfermedad, maternidad y riesgos Profesionales, bajo el régimen de corto plazo, Supervisa su aplicación en el ámbito de sus competencias a las Gerencias y/o Administraciones Regionales.
Asesora y apoya en asuntos administrativos y financieros al Gerente General y demás autoridades de la CNS.
Desarrolla, implementa y supervisa la aplicación de los sistemas financieros y no financieros establecidas en el Código de Seguridad Social, Ley General del Trabajo, Ley No. 1178, y otras normativas en actual vigencia, ejerce, supervisa y fiscaliza su aplicación en el ámbito de sus competencias de las Gerencias y/o Administraciones Regionales.